住房公积金是从 员工工资中扣除的。具体规定如下：1. 职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴。2. 单位应当自每月支付职工工资之日起5日内，将单位缴纳的住房公积金和职工缴纳的住房公积金汇入住房公积金专户，委托银行计入职工住房公积金账户。因此，住房公积金的扣除是基于员工的工资收入，
